খালিশপুর নীলকুঠি ভবন ঝিনাইদহ জেলার মহেশপুর উপজেলার কপোতাক্ষ নদীর তীরে অবস্থিত একটি প্রত্নতাত্ত্বিক নিদর্শন। ভারতীয় উপমহাদেশে নীল চাষের শুরুতে, ব্রিটিশ ইস্ট ইন্ডিয়া কোম্পানি খালিশপুরে 14 একর জমির উপর একটি দ্বিতল নীল বাড়ি তৈরি করে। 1810 থেকে 1858 সাল পর্যন্ত, এই নীল বাক্সটি নীল চাষীদের নির্যাতনের জন্য ব্যবহার করা হয়েছিল। নীলকুঠির উপর ব্রিটিশদের অত্যাচারে ক্ষুব্ধ কৃষকরা 1860 সালে উপমহাদেশে নীল বিদ্রোহ শুরু করে। তবে, ব্রিটিশরা অন্যান্য নীলকুঠি বিক্রি করলেও কৃষকদের বিদ্রোহের কারণে খালিশপুরের নীলকুঠি ভবন বিক্রি করা যায়নি। ব্রিটিশদের রেখে যাওয়া এই নীলকুঠিটি পরে জমিদাররা কাছারি বাড়ি হিসেবে ব্যবহার করে।
১৯৪৭ সালে ভারত বিভাগের সময় জমিদারি প্রথা বিলুপ্ত হলে কুঠিটি পরিত্যক্ত হয়। স্বাধীনতা যুদ্ধের পর বাংলাদেশ প্রত্নতত্ত্ব অধিদপ্তর খালিশপুর নীলকুঠি ভবনকে একটি প্রত্নতাত্ত্বিক স্থান হিসেবে নিবন্ধিত করে। বর্তমানে খালিশপুর নীলকুঠি ভবনের পাশে বীরশ্রেষ্ঠ হামিদুর রহমান বিশ্ববিদ্যালয় ও হামিদুর রহমান স্মৃতি জাদুঘর স্থাপন করা হয়েছে এবং নীলকুঠি ভবনের পাশে ১০ একর জমির ওপর একটি সুন্দর আমের বাগান গড়ে তোলা হয়েছে।



