মুসা খান মসজিদ বাংলার বারো ভূঁইয়াদের স্মৃতিবিজড়িত ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের শহীদুল্লাহ হলের কাছে একটি প্রাচীন তিন গম্বুজ বিশিষ্ট মসজিদ। সপ্তদশ শতাব্দীর শেষভাগে নির্মিত মসজিদটির নামকরণ করা হয়েছিল ঈশা খাঁর পুত্র মুসা খানের নামে, তবে মসজিদটি নির্মাণ করেছিলেন মুসা খানের পুত্র মাসুম খান। মুসা খাঁ মসজিদের পাশে চিরনিদ্রায় শায়িত আছেন মুসা খান।
উঁচু প্ল্যাটফর্মের ভিত্তির উপর নির্মিত বেদীর ভিতরে ছোট ছোট কক্ষ রয়েছে। মসজিদের দেয়ালে 3টি খিলানযুক্ত দরজা রয়েছে যার পূর্ব পাশে একটি খোলা বারান্দা এবং দুটি উত্তর ও দক্ষিণ পাশে রয়েছে। আর পশ্চিম দেয়ালে রয়েছে তিনটি খিলান। প্রধান মেহরাব ছাড়া বাকি দুটি মেহরাব আকারে অপেক্ষাকৃত ছোট। দেয়ালে বিভিন্ন মুঘল শৈলীর নকশা প্রদর্শিত হয়েছে। মুসা খান মসজিদের চার কোণায় ৪টি অষ্টভুজাকৃতির টাওয়ারসহ মোট ১৬টি টাওয়ার ও মিনার রয়েছে। এছাড়া মুসা খান মসজিদের সামনে ভাষাবিদ ডক্টর মুহম্মদ শহীদুল্লাহর সমাধি রয়েছে। ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের কার্জন হলের পশ্চিম পাশের চত্বরটি একসময় বাঘে-মুসা খান বা মুসা খানের বাগান নামে পরিচিত ছিল।



